SMK. Pendeta Za'ba sebagai institusi Pendidikan Menengah bermula pada 01 Disember 1994. Pada peringkat awalnya sekolah ini dikenali sebagai Sekolah Menengah Taman Paroi Jaya Seremban memandangkan ia terletak di kawasan perumahan Taman Paroi Jaya di Mukim Ampangan yang jauhnya kira-kira 8 km dari Bandar Seremban. Kedudukannya yang strategikdaripada segi kepesatan pembangunan projek-projek perumahan dan pembangunan insfrastruktur.